Se você está REALMENTE precisando de um downgrade do mysql para a versão 4, então siga os passos abaixo:
Entre no arquivo /var/cpanel/cpanel.config
Procure pela linha:
mysql-version e substitua igualmente ao que está abaixo:
mysql-version=4.1
Salve o arquivo, saia e depois rode /scripts/upcp –force pára atualizar para esta versão em downgrade.