Se você utiliza-se do Fantástico DELUXE e nem em sonho entende o por que que este bendito pede shell_exec ativo, ou mesmo, conhece sobre shell_exec mas sabe que isto é um ponto a menos na segurança em um ambiente compartilhado, PSIU, se está precisando dele OFF esta dica é para você!
Para acabar de vez com a mensagem Warning: shell_exec() siga os passos abaixo:
(por prevensão vamos desabilitar o shell_exec no lugar correto)
Entre no /usr/local/lib/php.ini e insira a função shell_exec no parâmetro disable_functions
Em seguida use o seguinte comando:
/scripts/makecpphp
O Cpanel vai processar o php interno (não é o de uso dos domínios) do Cpanel e ajustar tudo :D.