Se você já tentou de tudo com o cpanel e não consegue fazer rolar o domínio corretamente, NADA de pânico, mr little te ajuda.
use isto -> /scripts/updateuserdomains
Se por um acaso o cpanel reclamar de alguma conta conflitando com outra basta apenas acessar o conf de domínio desta conta em ->
/var/cpanel/users/USUÁRIO
Observar se o trecho DNS=domínio.com.br é igual o de outrem, caso contrário, veja se o dns1 é igual, limpe-o (antes faça backup) e teste.