Dica retirada do fórum Cpanel, interessante:
Na maioria dos casos, o erro 500 Internal Server Error, é ocasionado quando se tem arquivos/diretorios com permissões invalidas, mas tambem pode ser pelo uso de variaveis como php_flag e php_value no .htaccess, vou citar como corrigir de forma rapida e automatica a permissao de todos os arquivos e pastas para que nao ocorra o erro 500 devidoa permissões invaldias. Quanto a outra forma que seria quando ha as variaveis no .htaccess este é personalizado e cada caso deve ser verificado entao nao vou citar, mas seria basicamente remover e setar no proprio php.ini dentro da pasta do sistema desejado.
Vamos la no SSH digite o comando abaixo:
find /home/*/public_html -type d -exec chmod 755 {} \;
find /home/*/public_html -type f -exec chmod 644 {} \;
Ele ira buscar todos os arquivos e pastas da home dos dominios e ira setar a permissão correta que é 755 para pastas e 644 para arquivos.
Fonte: http://www.forumcpanel.com.br/index.php?showtopic=5732&st=0&gopid=31730&#entry31730